Nước sau khi được lọc sạch tiếp tục đi vào bộ phận điện giải của máy điện giải iON kiềm. Qua các tấm điện cực sẽ giúp phân tách nước thành các ion và tái cấu trúc phân tử nước, từ đó tạo nên 2 dòng nước khác nhau: nước iON kiềm và nước ion axit.
Khi nguồn nước sạch chạy qua máy điện phân nước, các ion dương như Ca2+, Mg2+, K+, Na+… sẽ di chuyển về phía cực âm (Cathode), và tại điện cực âm này, các phân tử nước nhận điện tử (e-) từ các điện cực tạo thành Hydro hoạt tính (Hydrogen). Do vậy, ở điện cực âm của thiết bị điện phân này sẽ thu được nước iON kiềm chứa các khoáng chất và Hydro hoạt tính.
Các loại ion âm còn lại như Cl-, SO42-, HCO3-, NO3-, … sẽ di chuyển về phía điện cực dương (anode) và tại đây cũng sẽ thu được nước có tính acid nhẹ.